Sucede que el portal es abierto, pero de el emerge Link.. otro Link.. Shadow Link. Este siniestro Link toma prisioneros y los encierra en cristales.. después escapa. El Link de Zelda va en búsqueda de su alter-ego, pero el sello de Vaatl's ha terminado de ceder, una catástrofe sin precedentes está a punto de bañar el mundo.. ¿Será que Link podrá rescatarnos una vez más?.